在本作中,玩家将扮演“Agent47”,一位历史上最为出色的终极刺客。游戏的故事从巴黎开始,Agent47发现自己受了重伤,并且身陷险境。《杀手3:契约》将会探索杀人者为了生存而无情杀戮的阴暗心理,将会是系列史上世界观最为阴暗的一部。IO Interactive的常务董事贾诺斯·弗莱瑟说:“《杀手3:契约》将展现杀手新的一面,游戏将充满剧情性,会遭遇到很大的困惑,但更会让玩家去享受一种经历。我们使用的技术将使这款游戏成为市场上最好的游戏之一。”
本作故事主要叙述杀手47号步入杀手生涯的历程,虽然最后47号选择消失匿迹,但是之后的事件让他觉得,有金钱价值的生活和任务比起匿迹的生活要好的许多,这也是杀手47号行成的原因
由于本作从杀手47号在身为探员的时代来进行游戏,游戏中也多了许多不一样的敌人,从警卫到黑社会,两方的人马都想致47号于死地,其中还有一个由Meat King所领导的团体,这个团体是个冷血的杀人集团,游戏当中除了要躲避警察之外还要想办法闪避这些黑社会的追杀而完成任务,而47号之所以接下任务的理由,只是为了赚取更多的金钱来和这些人对抗,比起二代来说,三代的故事更加紧凑,绝对让玩家像在看电影一般的感受杀手社会的残酷,至于47号要如何对抗这两大势力,就看玩家的游戏技巧啰!