要理解整个《Prototype》的剧情，第一件事就是要弄清楚Alex Mercer的身分。
游戏的主角Alex Mercer（艾力克斯 墨瑟）因被自己带出来的病毒感染，从停尸间醒来之后发现完全不知道之前做了些什么，然而突变的同时也获得了超乎常人的强大能力。当主角杀死路人或敌人时便可以吸收他们的记忆、能力，甚至能变成他们的样子。随着吸收被杀死敌人以及路人的数量不断增加，主人公Mercer的能力也会随之逐渐增强。最终将能够学会诸如将自己的身体变化成武器攻击或是硬化身体表面皮肤以抵御敌人进攻等神奇的能力。
到任务后期谜底揭晓。
故事要从1962年说起，美国国防部和其下属高级计划署（DRAPA）秘密成立了一支特殊部队，名为“黑色守望”（Blackwatch）；其成立初衷是使用生化战抵御美国的一切威胁以及海外敌对势力，该部队一切行动都属于绝密。1963年，黑色守望的研究人员发现了一种病毒，在灵长类动物身上进行的实验表明，通过DNA的融合，该病毒可以在基因层面上大大提高物种的智力、力量等等身体要素，他们将该病毒命名为DX-1118。随后，以该病毒为中心的“黑光”（Blacklight）计划展开。
1964年，黑光计划正式开始，黑色守望部队在美国爱达荷州建立了一座小镇，名为“希望”（HOPE），并将一批阵亡士兵的家属迁居此地。他们谎称该处是用于模拟核战之后人类聚居区的实验场地，而被蒙在鼓里的军属们却对真正的计划一无所知。黑色守望对居民注射了病毒，此时的病毒似乎对感染人群没有起到丝毫作用。1965年，希望镇上的第一名婴儿出生，其父母身上被注射的病毒在婴儿体内产生的变异对婴儿本身似乎也没有影响。然而一切的平静都在1968年8月被打破了，希望镇突然爆发疾病，黑色守望随即将全镇封锁，将近70%的居民被感染，剩下的人则被隔离在镇内等死。将近一年人间地狱般的日子过去，到了1969年7月，除一人以外，希望镇上四百多名居民全部死亡。唯一的生还者名为Elizabeth Greene（伊丽莎白·格林，即游戏中的紧身衣马尾女），而她在被发现时已经怀有身孕。 黑色守望的清除行动随即开始，他们将Elizabeth Greene带走，并用核弹将整个希望镇夷为平地。当时负责清除行动的是Peter Randall中尉（彼得·兰德尔，即游戏中的独臂将军），他在强行带走Elizabeth Greene的时候被她抓伤了手臂，Randall为制止感染，毫不犹豫自断左臂（这就是他独臂的原因），而且他还因为湮灭证据有功而晋升为少校，并在后来成为将军，成为了黑色守望的最高指挥官（似乎和最后的superme hunter有联系）。希望镇事件发生之后，黑光计划停止，黑色守望部队的最高宗旨被更改为“探查并消灭美国国土上的一切未知病毒活动，不论人为或自然原因”。 Elizabeth Greene在次月被转往位于马里兰州迪崔克堡的黑色守望基地，并在那里产下一名男婴，黑色守望赋予其代号PARIAH（意为“贱民”，网上有人认为是Randall,但绝对不是），并将其从母亲身边带走（此孩子的命运暂且按下不表）。Greene在随后几十年中属于与外界完全隔离的情况。有证据显示，她在此期间没有成长发育，没有流汗，没有肌肉抽搐，甚至没有眨眼，处于完全静止的状态，好像在等待着什么。
时间到了1989年，Raymond McMullen博士（雷蒙德·麦克马伦即游戏中用枪自杀的眼镜男）创立了GENTEC，并成为了黑色守望的下属研究机构，他认为黑色守望短视，认不清DX-1118病毒的价值，于是重启黑光计划，并将Elizabeth Greene转至GENTEC的研究中心，从她身上研究病毒的新进化品种。并在后来招募了“主角”Alex Mercer，以及后来成为Alex女友的Karen Parker（卡伦·帕克，即游戏中的金发OL）。之后，黑色守望发现GENTEC重启了禁忌的实验，意图弹压，此时的Alex Mercer为了将这个对人类危害极大的秘密计划大白于天下，在Karen Parker的协助下窃取了一小瓶病毒样本并逃离，却在车站遭遇了前来拦截的黑色守望便衣特工。走投无路的Alex Mercer摔碎了瓶子释放了病毒，自己也被当场射杀。由于是在车站，当时就有许多市民被感染，曼哈顿的大规模疫情暴发也就此埋下了伏笔。 Alex Mercer在车站被射杀的时候就已经身亡，接下来在停尸房醒过来的，大家一直在游戏中操控的东西根本不属于人类，它是破碎瓶中的病毒沾上Alex尸体之后对其外形及性格的继承，游戏标题“原型体”也指的是他。在游戏的某关，也可以听到将军的话：“不！已经不能用'他'来称呼！应该是'它'！”后来的电话中，也可以看到Alex和他的“合作者”的对话：“啊...你已经不是人类了，你是“黑色守望者”的病毒而已。” 至于前文提到Elizabeth Greene等待的东西，即是“原型体”对她的释放，而Greene的台词"I am your mother"并不是指“原型体”是她生下的那个婴儿，而是指原型体病毒来源于她 游戏越发展下去，游戏的内涵也就越明了：人类对于自己犯的错误只是掩盖再掩盖，实在掩盖不住了，就不惜代价毁掉。而刚刚出生18天的病毒“Alex”却知道要保护某些东西：保护自己的“妹妹”，保护人类文明不被毁灭（游戏最后，曼哈顿就要被军方用核弹毁灭掉），不在重踏希望镇的悲剧。
以下就是游戏的基本剧情流程：
Episode 1
Memory in Death
教学任务，病毒扩散的第18天。
Unexpected Family
病毒扩散首日。有人在Penn Station释放不明病毒。 Alex Mercer的尸体在解剖台上苏醒，对所发生的事情没有任何记忆。吞噬Blackwatch追兵后，Alex Mercer记起自己有个妹妹，Dana Mercer。
Episode 2
Past and Present
Alex Mercer试图回自宅寻找线索，向事件的原凶进行复仇，却正中Blackwatch的埋伏。
Behind the Glass
Dana从Alex的电脑中找到Elizabeth Greene这个名字。 Alex进入Gentek设施后导致Elizabeth Greene脱逃，造成曼哈顿区第二波病毒感染。
Episode 3
The Wheels of Chance
Alex Mercer寻求前女友暨Gentek员工，Karen Parker的协助。
A New Order
Karen Parker发现感染源来自两支不同的病毒株。
Episode 4
Open Conspiracy
核能空母USS Reagan抵达哈德逊湾（Hudson Bay），Blackwatch提高动员层级。
In the Web
Blackwatch在市区内大规模部署病毒侦测装置。 Gentek主席Raymond McMullen提供Blackwatch可消灭Alex Mercer体内病毒的病原体。
The Altered World
Alex Mercer扰乱病毒侦测装置，意图接近McMullen，结局以失败收场。
Errand Boy
Karen Parker背叛Alex Mercer。 Alex Mercer被Blackwatch的队长Robert Cross注入病原体，丧失部分能力。
Episode 5
Under the Knife
病原体开始寄生并侵蚀Alex Mercer。 Alex前往圣保罗医院，找上同为前Gentek员工的Ragland医生，请求他的协助。
The Stolen Body
Alex Mercer与Ragland医生渗透进军事基地，调查Penn Station病毒感染者的遗体。
Biological Imperative
利用Hunter作为培养体，Ragland医生成功制造出对抗病原体的抗体。 Alex Mercer恢复原先的能力。
Episode 6
The Door in the Wall
Dana被不明Hunter绑走。曼哈顿感染程度持续上升。
First and Last Things
Alex Mercer制服Leader Hunter。
The First Monster
Alex Mercer吞噬Leader Hunter，进一步找出绑架Dana的变种hunter，将其吞吃后获知Dana的所在。
Making the Future
利用军方的火力，Alex Mercer进入核心巢穴寻找Dana。
Children of Blacklight
核心巢穴的中心，是Blacklight病毒的核心带原者Elizabeth Greene。 Alex Mercer将病原体注入Greene，却被Greene排出体外，并形成Supreme Hunter。 Alex Mercer成功救出Dana，但她陷入昏迷。
Episode 7
Men Like Gods
一名身分不明的人士向Alex Mercer透露病毒的起源。同时，军方从空中散布病毒抗体Bloodtox，并导入使用病毒技术的超级士兵。
Dream of Armageddon
军方进一步在地面部属Bloodtox散布装置。出于自保，Alex Mercer企图颠覆Bloodtox的散布行动。
A World Set Free
军方打算利用特殊帮浦将Bloodtox打至地底，消灭躲藏的感染体。 Alex Mercer伪装成士兵进行护送。
Episode 8
Things to Come
帮浦就位，大量的Hunter与Hydra感染体从地底涌出。
On Instinct
躲藏在地底下的Elizabeth Greene现身，被Alex Mercer击杀并吞噬。
Shock and Awe
Elizabeth Greene已被消灭，Alex Mercer企图摧毁Bloodtox的生产设施，佯装失手后与McMullen对质。 McMullen为了不让Alex Mercer夺取记忆，举枪自尽。
Episode 9
The Last Man
Alex Mercer的匿名连络人身分揭晓，他是Blackwatch的队长，Robert Cross。军方开始撤离纽约市，并打算在市区引爆核弹以消灭病毒。 Alex Mercer开始追踪地面部队的领袖。
Two Tickets
Alex Mercer将抗命逃亡的Ian Taggart吞噬掉。 Alex变化为Taggart的外观，与Cross两人成功登上哈德逊港外的USS Reagan。
终章
One Thousand Suns
Alex Mercer吸收了主导者Peter Randall将军。军队领袖与感染核心Elizabeth Greene都被消灭，扮成Cross的Supreme Hunter现出真面目，企图吞噬Alex。消灭Supreme Hunter后，Alex将倒数引爆中的核弹载离纽约，沉入水底。核弹的威力将他炸飞，尸身的碎片在曼哈顿岛上吸收其他生物体，Alex Mercer二度复活。
上述的叙述法其实有个致命的错误：Alex Mercer早在游戏开始前的Penn Station事件中就死了，自认是Alex Mercer的男子，其实只是吞噬了Alex的尸体以及部分记忆的Blacklight实验病毒原型（prototype）。 Alex Mercer早就不存在了，玩家所操控的游戏主角，是以Alex Mercer的外观与部分记忆作为预设值的「Prototype」生物体。故事的趣味由此而生：Prototype自以为是Alex Mercer，但是却不知道真正的Alex Mercer究竟作了些什么、在整起生化灾难中扮演什么角色，它基于错误的认知而展开复仇行动，因而导致更大的灾祸。
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