大主公里的关卡模式也是一大亮点，共分为“普通”、“困难”和“活动”三种，玩家只有在通过普通关卡之后才能开启困难关卡，当然苦难关卡所得的经验也会高出不少。
关卡是《大主公》里玩家杀怪升级的主要方式。
普通关卡：分章节从黄巾起义、董卓作乱一路推进，每个章节都有由易到难的几个小关卡需要玩家攻克，通关了前一章节的关卡，才能开启下一个章节的关卡。同时，每个章节都对玩家的“主公”等级有要求，未达到相应章节的等级也无法闯关。
困难关卡：玩家每完成“普通”关卡的一个章节，就会开启同名的“困难”模式关卡。困难模式关卡相比普通模式的难度更大，对主公等级的要求也会更高，但同时，闯关所获的经验和奖励会更丰厚，掉落的武将、装备更稀有。
活动关卡：活动关卡作为游戏的额外福利，会不定期推出各种特殊掉落关卡。经常关注活动关卡，是获得各种稀有武将卡牌、高级经验卡牌、高级铜钱卡牌的有效途径。开启了“铜雀台”、“甘露寺”和“猛将传”这三种活动关卡
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