沿袭2003三人对战模式，在系统上对于过往拳皇进行了相当大的改进。对战系统包含了一些过去从来没有采取过的元素，例如对战优势系统，即当对战时间到时，双方均没有完全倒下并不再以哪方剩余的血多来判定胜负，而是由系统专门的胜负判定盘来进行判定，而判定盘的判定原则包含了攻击的积极性等内容；又例如对战除了沿袭2003一人down后，第二人继续出场的方式，另外改进了攻击即刻换人，以此构成连的系统，同时在被对方连过程中也加入了通过耗费一个能量来换人，而防止眼睁睁在连中看着自己的队员大幅扣血。
游戏还有HP修正设计，例如当某一方连技数越来越多时，招式原产生的扣血量将相应减少，这是为了防止由于超必杀等招式代入连中时对对手产生过度的扣血，而提升游戏的平衡性。由于有队长概念的加入，队长特有的队长超杀已经成为游戏的重要一部分，KOF XI更是加入了一个Dream Cancel系统，即当有充足的能量时，队长的某些普通超必杀将可以通过队长超杀进行取消，以此构成更加华丽的连——当然，为考虑平衡性避免过度的扣血，HP修正系统在产生重要作用。在ABCD四个键之外，首次额外加入了E键，用以替代过去CD超重击。
对战系统的大幅改进对玩家的游戏策略提出了更高的要求，游戏中的三人配合将显得十分重要。对于过于平庸的KOF 2003，KOF XI显然是相当成功的作品。游戏的背景改用全3D画面，但对战依然是2D人物横版设计，由于新基板的应用，画面质量得到了前所未有的提高，并且很大程度遏制了盗版。 
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