引物设计软件Oligo

Oligo是一款为生物DNA研究人员提供的引物设计工具，这款软件主要用于设计和分析序列和PCR引物。Oligo符合引物设计的原则，相关行业人员可以通过这款软件来合成基因和各种探针，包括小分子干扰核苷酸和分子信标。

功能特色：

1、分析TM和内部稳定性，绘制溶解温度图和稳定性图

2、给出寡核苷酸的重要相关信息

3、显示正向引物、反向引物和当前的OLIGO里潜在的连接物，潜在的二聚物也可显示出来

4、分析显示在选中的正向引物或反向引物中基本的成份和溶解温度

5、精确地分析出生物信息软件中的错配位点

6、正向引物和反向引物选中后，能自动产生PCR实验条件和PCR产物信息

安装方法：

1.下载软件包解压，双击“Oligo7Win_Setup.exe”，点击next。

2.选择软件的安装目录，建议安装在C盘之外的其他盘中。

3.选择开始菜单文件夹，默认即可。

4.勾选创建桌面快捷方式。

5.准备安装，点击install开始安装。

6.正在安装软件，请稍等。

7.安装完成，点击finish。

8.运行桌面快捷方式打开软件，弹出一个窗口，复制到“Workstation Code”信息。

9.打开软件包中的注册机文件“Keygen.exe”，将上面Workstation Code的代码复制到补丁中，点击generate生成代码。

10.然后将注册机中生成的“Access Code”复制到软件窗口中的“Access Code:”文本框中。

11.单击“Confirm Code”按钮即可完成。

使用教程：

1、首先，同Oligo 6 一样，File菜单下，选择New sequence ,打开窗口将目的序列粘贴进来，或是选择Open定位到目的cDNA序列（在primer中，该序列已经被保存为Seq文件），这是最初打开时的界面：

2、然后就是进行引物的设计了。Search 菜单下，选择for primes &probes ,即出现引物搜寻窗口:

3、根据自己的实际情况选择Parameters 或Ranges设置引物的相关参数和范围。然后选择Search即开始进行引物的搜索，之后会出现软件所列出的依据得分（Score）高低排列设计的引物。

4、双击每一行所列出的引物会弹出该对引物的具体信息，以及软件对该对引物的相关评价。

5、双击之后在最初的Sequence 窗口中就会出现下面的窗口:

6、点击绿色方形图标前面的i标志可了解对应的具体信息。

7、之后便是对该引物的具体分析了，这部分的分析同Oligo 6基本上是一样的。 选择Analyze菜单，如下图：

（1）Analyze中，第一项为Key info，点击Selected primers，会给出两条引物的概括性信息，其中包括引物的Tm值，此值oligo7破解版是采用nearest neighbor method计算，会比Primer5中引物的Tm值略高，此窗口中还给出引物的Delta G和3’端的Delta G.3’端的Delta G过高，会在错配位点形成双链结构并引起DNA聚合反应，因此此项绝对值应该小一些，最好不要超过9。
（2）Analyze中第二项为Duplex Formation，即二聚体形成分析，可以选择上游引物或下游引物，分析上游引物间二聚体形成情况和下游引物间的二聚体情况，还可以选择Upper/Lower ，即上下游引物之间的二聚体形成情况。引物二聚体是影响PCR反应异常的重要因素，因此应该避免设计的引物存在二聚体，至少也要使设计的引物形成的二聚体是不稳定的，即其Delta G值应该偏低，一般不要使其超过4.5kcal/mol，结合碱基对不要超过3个。Oligo此项的分析窗口中分别给出了3’端和整个引物的二聚体图示和Delta G值。
（3）Analyze中第三项为Hairpin Formation，即发夹结构分析。可以选择上游或者下游引物，同样，Delta G值不要超过4.5kcal/mol，碱基对不要超过3个。
（4）Analyze中第四项为Composition and Tm，会给出上游引物、下游引物和产物的各个碱基的组成比例和Tm值。上下游引物的GC％需要控制在40％～60％，而且上下游引物之间的GC％ 不要相差太大。Tm值共有3个，分别采用三种方法计算出来，包括nearest neighbor method、％GC method和2(A＋T)＋4(G＋C)method，最后一种应该是Primer5所采用的方法，Tm 值可以控制在50～70度之间。
（5）第五项为False Priming Sites，即错误引发位点，在Primer5中虽然也有False priming分析，但不如oligo详细，并且oligo会给我正确引发效率和错误引发效率，一般的原则要使误引发效率在100以下，当然有时候正确位点的引发效率很高的话，比如达到400～500，错误引发效率超过100幅度若不大的话，也可以接受。
（6）Analyze中，有参考价值的最后一项是“PCR”，在此窗口中，是基于此对引物的PCR反应Summary，并且给出了此反应的最佳退火温度，另外，提供了对于此对引物的简短评价。若该引物有不利于PCR反应的二级结构存在，并且Delta G值偏大的话，oligo7破解版在最后的评价中会注明，若没有注明此项，表明二级结构能值较小，基本可以接受。
(7)另外，Internal stability也很重要，最好是中间高两边低的弧形。