LigandScout for Mac

LigandScout是一个药物研究软件工具，用三维的受体、底物 构建药效团模型，结合虚拟筛选，是基于结构药物设计必不可少的工具。LigandScout支持多种常用的药效团格式，可以导出模型给Catalyst (Discovery Studio)、MOE与Phase (Schrodinger)等软件进行虚拟筛选以保证最大的协同工作能力。功能齐全的3D图形用户界面支持多层级撤销（undo），使得复杂地活性位点分 析与药效团建模变得高效、简单明了。我们设计了结合位点分析、基于药效团的叠合以及共有药效团特征的创建等应用使得LigandScout成为基于结构设 计与虚拟筛选的必备工具。Ligandscout还支持所有常见的操作系统。

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操作步骤

用四字母代码下载PDB文件，比如1KE6；

找对正确的配体；

聚焦于活性位点，并切换到活性位点视图；

检查并修正配体的化学结构;

点击建立基于结构的药效团模型

实例描述

1. 在屏幕右上角键入’1KE6′, 点击按钮’Download 1ke6′
蛋白结构会被下载下来并展示出来。

2. 点击黄色盒子
会自动居中放大显示该配体。

3. 鉴于PDB结构可能有误，需要仔细检查：比如原子类型、键的类型等
你可以对原子或键进行编辑，纠正，直到完全正确无误

4.  一旦配体的化学结构正确，按‘Ctrl-F9’组合键生成药效团模型 （在Mac OS X里是Cmd-F9）。
你也可以点击‘Create Pharmacophore’按钮来创建药效团模型。最后你可以保存这个模型给MOE，Catalyst，Phase，FRED等使用。