《达芬奇的最后谜题》是一款以1格和2格为移动概念的益智解谜游戏,与《探索钻石岛》和《冰雪公主》采用了相同的游戏规则,此类玩法的游戏在FLASH作品中常见,本作的优势在于精巧的容量。其中包括67个难度循序渐进的关卡设计,各种障碍和有趣的道具元素会逐渐增加使游戏内容更为丰富,完成后将解锁8幅著名的绘画作品。
WASD 控制移动。游戏为键盘控制,具有灵活爽快的操作手感。游戏的目标是需要玩家将神秘方石竖直镶嵌到发光的凹槽中,玩家可以通过横竖滚动使方石前进或换位,并保持充足的占据空间,避免坠落到盘面之外。